901 matches
-
ADN este în mare măsură influențată de condițiile de reasociere a primerilor sintetici și a probelor utilizate pentru reasociere cu ADN denaturat. În condiții stringente de temperatură și concentrație salină, primerii și probele se vor asocia doar la secvențe de nucleotide care sunt perfect complementare, nu însă și la acelea care prezintă nepotriviri, oricât de mici ar fi acestea. Modificarea condițiilor de realizare a reacției de reasociere poate să conducă la o primare nespecifică în cursul reacțiilor de sinteză din cadrul amplificării
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
lor. Un studiu pilot efectuat pe un grup restrâns de 15 pacienți cu forme moderat-severe de AD a arătat rezultate pozitive la administrarea de etanercept la nivel perispinal. La momentul actual sunt cunoscute peste 10 milioane de polimorfisme mononucleotidice (single nucleotide polimorphysm - SNP) la nivel de genom uman. Unele au fost deja asociate cu modificări semnificative asupra efectului medicamentelor și astfel pot fi folosite pentru a prezice răspunsul clinic. Majoritatea efectelor medicamentelor sunt determinate de interacția dintre diferiți produși genici care
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
este capătul NH2 expus la suprafața celulelor parazitului. Glicoproteinele variabile ale suprafeței celulare, izolate din Trypanosoma, derivă din precursori polipeptidici cu secvențe suplimentare la ambele capete. ARNm codificator al glicoproteinei antigenice a fost reverstranscris în ADN. Acesta cuprinde aproximativ 100 nucleotide ale secvenței leader 5’ netraduse, urmate de 99 nucleotide care codifică pentru un peptid de 33 aminoacizi cu rol de semnal, și care nu se regăsesc în VSG. Regiunea codificatoare a peptidului semnal este urmată de secvențe care codifică VSG
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
variabile ale suprafeței celulare, izolate din Trypanosoma, derivă din precursori polipeptidici cu secvențe suplimentare la ambele capete. ARNm codificator al glicoproteinei antigenice a fost reverstranscris în ADN. Acesta cuprinde aproximativ 100 nucleotide ale secvenței leader 5’ netraduse, urmate de 99 nucleotide care codifică pentru un peptid de 33 aminoacizi cu rol de semnal, și care nu se regăsesc în VSG. Regiunea codificatoare a peptidului semnal este urmată de secvențe care codifică VSG matur de 50 kDa, după care urmează 60-70 nucleotide
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
nucleotide care codifică pentru un peptid de 33 aminoacizi cu rol de semnal, și care nu se regăsesc în VSG. Regiunea codificatoare a peptidului semnal este urmată de secvențe care codifică VSG matur de 50 kDa, după care urmează 60-70 nucleotide care codifică regiunea C terminală, regiune care, ca și peptidul semnal, lipsește din peptidul matur. Extensia C-terminală este foarte hidrofobă și probabil are rolul de a ancora VSG pe suprafața tripanosomei, dar care poate fi și ușor clivată. Genele
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
pentru endonucleazele de restricție. Genele VSG exprimate sunt totdeauna foarte apropiate de o telomeră. Invariabil, capătul 3’ al catenei sens este proximal față de telomeră. T. brucei are aproximativ 100 cromozomi, majoritatea foarte mici, cu mai puțin de 106 perechi de nucleotide. Genele VSG exprimate au fost identificate în cel puțin trei regiuni telomerice diferite, dar numărul real de loci telomerici, potențial activi, este necunoscut. Este clar că locația telomerică a genei VSG, pentru a fi exprimată, este o condiție obligatorie, dar
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
ARNm și lungimea unităților de transcriere sunt neobișnuite. Secvența de la capătul 5’ al ARNm VSG este foarte diferită de secvența din regiunea omoloagă a ELC de pe care aceasta este transcrisă. În primul rând, gena exprimată începe cu 35 perechi de nucleotide netraduse. În al doilea rând, unele secvențe din ELC lipsesc. Aceeași lungime de 35 de nucleotide se întâlnește la startul tuturor moleculelor de ARNm pentru VSG ca și la startul celor mai multe, dacă nu al tuturor moleculelor de ARNm de la tripanosome
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
foarte diferită de secvența din regiunea omoloagă a ELC de pe care aceasta este transcrisă. În primul rând, gena exprimată începe cu 35 perechi de nucleotide netraduse. În al doilea rând, unele secvențe din ELC lipsesc. Aceeași lungime de 35 de nucleotide se întâlnește la startul tuturor moleculelor de ARNm pentru VSG ca și la startul celor mai multe, dacă nu al tuturor moleculelor de ARNm de la tripanosome. Cele 35 perechi de nucleotide sunt întâlnite în unitatea de 1,4 kilobaze, repetată de 200
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
rând, unele secvențe din ELC lipsesc. Aceeași lungime de 35 de nucleotide se întâlnește la startul tuturor moleculelor de ARNm pentru VSG ca și la startul celor mai multe, dacă nu al tuturor moleculelor de ARNm de la tripanosome. Cele 35 perechi de nucleotide sunt întâlnite în unitatea de 1,4 kilobaze, repetată de 200 de ori în genomul de Trypanosoma, dar nelincată cu genele VSG. Majoritatea acestor unități repetate se află în șiruri dispuse în tandem direct. Repetițiile sunt transcrise in vivo, pentru
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
4 kilobaze, repetată de 200 de ori în genomul de Trypanosoma, dar nelincată cu genele VSG. Majoritatea acestor unități repetate se află în șiruri dispuse în tandem direct. Repetițiile sunt transcrise in vivo, pentru a genera ARNm-uri bonetate cu 140 nucleotide lungime (mini exoni derivați sau med RNA) și au segmentul de 35 de nucleotide la capătul 5’. Transcrierea este catalizată de ARN polimeraza II. Formarea ARNm la Trypanosoma, purtător de mesaj genetic pentru VSG sau purtător de mesaj genetic pentru
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
genele VSG. Majoritatea acestor unități repetate se află în șiruri dispuse în tandem direct. Repetițiile sunt transcrise in vivo, pentru a genera ARNm-uri bonetate cu 140 nucleotide lungime (mini exoni derivați sau med RNA) și au segmentul de 35 de nucleotide la capătul 5’. Transcrierea este catalizată de ARN polimeraza II. Formarea ARNm la Trypanosoma, purtător de mesaj genetic pentru VSG sau purtător de mesaj genetic pentru alte proteine, implică transferul segmentului 5’ de 35 de nucleotide, bonetat cu 7-metilguanozină, de la
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
segmentul de 35 de nucleotide la capătul 5’. Transcrierea este catalizată de ARN polimeraza II. Formarea ARNm la Trypanosoma, purtător de mesaj genetic pentru VSG sau purtător de mesaj genetic pentru alte proteine, implică transferul segmentului 5’ de 35 de nucleotide, bonetat cu 7-metilguanozină, de la med ARN la transcriptul regiunii codificatoare. Deoarece tripanosomele au în general o concentrație mare de med ARN, este improbabil ca acesta să fie important în reglarea transcrierii situsurilor de expresie genică a VSG. În consecință, reglarea
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
tipuri de ARN sunt unite printr-un transsplicing, care reunește direct transcriptul fragmentului exonic de 35 perechi de baze la transcriptul regiunii codificatoare pentru VSG. Din fracția poliadenilată a ARN de Trypanosoma, spre capul 3’ al med-RNA sunt eliminate 100 nucleotide sub acțiunea unei enzime de clivare, existentă în celula umană și acest lucru este dedus după forma de „Y” pe care o capătă produsul format în cursul transsplicing-ului. Pe aceeași cale se formează ARNm funcțional pentru secvențele codificatoare neînrudite, aflate
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
care au condus la fundamentarea Geneticii moleculare. Astfel, studiul genetic al mutațiilor din genele pentru diferitele catene globinice a reprezentat un excelent model de analiză a fenomenului mutațional și de înțelegere faptică, concretă, a relației de colinearitate dintre secvența de nucleotide din acizii nucleici și secvența de aminoacizi din catenele polipeptidice, oferind cel mai solid argument pentru realitatea fenomenului de codificare biochimică, de colinearitate și universalitate a codului genetic. Clonarea și funcționarea genelor pentru globinele de iepure în ovocitele broaștei Xenopus
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
pentru catena β și gena pentru catena γ este dovedit de existența hemoglobinei Kenya (Hb-γβ), care este consecința fuziunii parțiale a acestor două gene. Analiza moleculară a organizării acestor gene sugerează existența unei distanțe de câteva mii de perechi de nucleotide între genele γ și δ, pe de o parte, și între genele δ și β, pe de altă parte. Aranjamentul genic în complexul codificator este următorul: Gγ, Aγ, δ, β. Ordinea genelor pentru catenele globinice în cromozomi este coincidentă cu
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
variabilă. Această organizare a genelor globinelor este colineară cu diferențierea a trei domenii în catenele globinice (fig. 16.6). De la situsul CAP care reprezintă punctul start al transcripției genice, primul exon include o secvență netradusă de aproximativ 50 perechi de nucleotide, desemnată 5’UTR și codonii pentru primii 31 aminoacizi ai catenei α-globinice și primii 30 de aminoacizi ai catenei β-globinice. Cel de al doilea exon codifică pentru aminoacizii 32-99 ai catenei α- și aminoacizii 31-104 ai catenei β-globinice. În acest
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
exon codifică sectorul extern 3’ al catenelor globinice (cu aminoacizii 101-141, în catena α- și aminoacizii 105-146, în catena β-globinică). Tot în acest exon se află și regiunea netradusă de la terminalul 3’ (3’UTR) care are aproximativ 100 perechi de nucleotide. În gena pentru catena α-globinică intronii au 117, respectiv 149 perechi de nucleotide, pe când în gena pentru catena ζ-globinică intronii au ~886 și, respectiv, ~239 perechi de nucleotide, iar în genele pentru β-globine primul intron are 122-130 perechi de nucleotide
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
α- și aminoacizii 105-146, în catena β-globinică). Tot în acest exon se află și regiunea netradusă de la terminalul 3’ (3’UTR) care are aproximativ 100 perechi de nucleotide. În gena pentru catena α-globinică intronii au 117, respectiv 149 perechi de nucleotide, pe când în gena pentru catena ζ-globinică intronii au ~886 și, respectiv, ~239 perechi de nucleotide, iar în genele pentru β-globine primul intron are 122-130 perechi de nucleotide, pe când cel de al doilea intron are 850-904 perechi de nucleotide. Mai sunt
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
netradusă de la terminalul 3’ (3’UTR) care are aproximativ 100 perechi de nucleotide. În gena pentru catena α-globinică intronii au 117, respectiv 149 perechi de nucleotide, pe când în gena pentru catena ζ-globinică intronii au ~886 și, respectiv, ~239 perechi de nucleotide, iar în genele pentru β-globine primul intron are 122-130 perechi de nucleotide, pe când cel de al doilea intron are 850-904 perechi de nucleotide. Mai sunt și alte secvențe înalt conservate în structura genelor globinice. Astfel, granițele dintre exoni și introni
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
nucleotide. În gena pentru catena α-globinică intronii au 117, respectiv 149 perechi de nucleotide, pe când în gena pentru catena ζ-globinică intronii au ~886 și, respectiv, ~239 perechi de nucleotide, iar în genele pentru β-globine primul intron are 122-130 perechi de nucleotide, pe când cel de al doilea intron are 850-904 perechi de nucleotide. Mai sunt și alte secvențe înalt conservate în structura genelor globinice. Astfel, granițele dintre exoni și introni, conform regulii lui Chambon, trebuie să păstreze la capătul 5’ al fiecărui
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
perechi de nucleotide, pe când în gena pentru catena ζ-globinică intronii au ~886 și, respectiv, ~239 perechi de nucleotide, iar în genele pentru β-globine primul intron are 122-130 perechi de nucleotide, pe când cel de al doilea intron are 850-904 perechi de nucleotide. Mai sunt și alte secvențe înalt conservate în structura genelor globinice. Astfel, granițele dintre exoni și introni, conform regulii lui Chambon, trebuie să păstreze la capătul 5’ al fiecărui intron dinucleotidul GT în AND, respectiv 5’-GU în pre-ARNm, iar
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
conservate în structura genelor globinice. Astfel, granițele dintre exoni și introni, conform regulii lui Chambon, trebuie să păstreze la capătul 5’ al fiecărui intron dinucleotidul GT în AND, respectiv 5’-GU în pre-ARNm, iar la granița 3’, dinucleotidul AG. Și nucleotidele adiacente acestor dinucleotide marcatoare ale marginilor secvenței intronice trebuiesc conservate, spre a se constitui în așa numitele secvențe consens, în cadrul prelucrărilor posttranscripționale din splicing. Alterarea acestor secvențe conduce la dereglarea sintezei hemoglobinei și este întâlnită în anumite hemoglobinopatii (Weatherall, 2001
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
și este întâlnită în anumite hemoglobinopatii (Weatherall, 2001). Procesarea pre-ARNm pentru globină implică și adiția unui sector de resturi de A (poliadenilare) la terminalul 3’ de la nivelul unei secvențe semnal AATAAA conservată în 3’UTR și aflată la aproximativ 10-30 nucleotide în amonte, de unde transcriptul inițial (pre-ARNm) trebuie tăiat, spre a fi poliadenilat. Analiza secvenței de aminoacizi a catenelor globinice realizată la peste 60 de specii de vertebrate a evidențiat prezența în acestea a nouă poziții invariante care sunt interpretate a
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
al transcripției, regiune care reprezintă promotorul. Ca și multe alte gene eucariote și genele pentru globine prezintă în regiunea promotor cutii de omologie ADN, cunoscute ca secvențe TATA și CCAAT, aflate la 30, și respectiv, la 70 de perechi de nucleotide în amonte de situsul CAP. În afară de aceste regiuni, multe gene cu specificitate celulară eritroidă, printre care și genele pentru catenele globinice, au o cutie de omologie de tip CACCC, la nivelul promotorului, în amonte de cutia CCAAT. Această regiune particulară
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
vezi și fig. 16.7). Analizele moleculare au arătat că linia de evoluție de la o globină primitivă la strămoșul hemoglobinic β-α a inclus viermii anelizi, insectele, moluștele, ciclostomii și mioglobina mamiferelor, în cadrul acestei linii evolutive producându-se 1629 substituții de nucleotide (Goodman și colab., 1975). S-a constatat o corespondență remarcabilă între, „ceasul evolutiv al proteinelor” și „scenariul paleontologic”. Din asemenea analize comparative filogenetice a fost posibilă estimarea ratelor substituțiilor de nucleotide în genele pentru globine în diferitele perioade evolutive, de unde
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]