901 matches
-
numită Southern blotting, după care este probat cu o probă clonată și marcată radioactiv pentru capătul 5’ al genei β-globinei. În ADN β-globinic se pot revela două fragmente de ADN (două restricte), de la persoanele normale, unul de 175 perechi de nucleotide și altul de 201 perechi de nucleotide (fig. 16.22). Mutații genetice în talasemii Talasemia este o anemie cronică cu aspecte clinice degenerative, uneori deosebit de severe. În realitate, această hemoglobinopatie reprezintă un grup heterogen de boli ale sângelui determinate de
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
cu o probă clonată și marcată radioactiv pentru capătul 5’ al genei β-globinei. În ADN β-globinic se pot revela două fragmente de ADN (două restricte), de la persoanele normale, unul de 175 perechi de nucleotide și altul de 201 perechi de nucleotide (fig. 16.22). Mutații genetice în talasemii Talasemia este o anemie cronică cu aspecte clinice degenerative, uneori deosebit de severe. În realitate, această hemoglobinopatie reprezintă un grup heterogen de boli ale sângelui determinate de descreșterea sau absența sintezei de catene globinice
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
indirect, prin aplicarea metodei de analiză RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) adică a analizei polimorfismului de lungime a fragmentelor de restricție (fig. 16.27). În acest caz, mutația poate fi demonstrată dacă apare o diferență individuală (polimorfism) în secvența de nucleotide a mutantului și a individului normal. De exemplu, dacă două dintre fragmentele ADN rezultate în urma acțiunii enzimei de restricție se diferențiază după locul situsului de restricție ca urmare a intervenției mutației genice, ele vor avea lungimi diferite. În figura 16
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
de lungime a ADN segregă ca o trăsătură mendeliană, fiind asociată cu mutația HbS, mult mai frecvent la această rasă, decât s-ar putea datora întâmplării, judecând după frecvența acesteia în populația generală. Se admite că polimorfismul de secvență a nucleotidelor atinge frecvențe înalte în cromozomii cu mutația HbS, datorită unui efect de „hitchhiking”, secundar celui de selecție naturală a genei strâns lincate pentru HbS. Acest termen metaforic care înseamnă călătorie gratuită», literar „călătorie clandestină” semnifică un fel de forezie de
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
secvențele polimorfe fiind păstrate cu frecvență mare în populațiile în care gena HbS pentru anemie falciformă conferă avantaje selective față de malarie. Asemenea secvențe polimorfe sunt favorizate nu prin valoarea lor intrinsecă (nu prin informația pe care o conțin în succesiunea nucleotidelor), ci doar prin întâmplarea care face ca ele să fie localizate în imediata vecinătate a locusului genic pentru HbS, vecinătate de care „profită” indirect, prin a fi cotransmise cu aceeași frecvență cu care este transmisă alela HbS ce conferă avantaj
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
de electroforeză în gel cu gradient denaturant a fost descrisă inițial de către Myers și colaboratorii, în anul 1987. Analiza DGGE este utilizată pentru separarea fragmentelor de ADN dublu catenar care sunt identice ca lungime, dar care diferă in secvența de nucleotide. Un amestec de fragmente de ADN cu secvențe nucleotidice diferite este separat prin electroforeză în gel de acrilamidă, gel care conține un gradient de creștere lineară de agenți denaturanți - uree și formamidă. În general, fragmentele de ADN bogate în GC
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
alelică a ADN. Aceasta metodă nu implică utilizarea izotopilor radioactivi, iar genotiparea este posibilă prin simpla examinare a migrării produsului PCR specific prin electroforeză în gel de agaroză. Metoda constă în utilizarea a doi primeri care prezintă aceeași secvență de nucleotide cu excepția nucleotidului terminal 3’, unul complementar cu alela normală, iar celălalt cu alela mutantă. Pentru amplificarea enzimatică se folosește Taq-polimeraza, enzimă care nu are activitate 3’→5’ exonucleazică, ceea ce implică necesitatea unei perfecte complementarități a primerului cu capătul 3’ al
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
uree. Metoda de electroforeză în gel cu gradient denaturant a fost descrisă inițial de către Myers și colaboratorii (1987). Analiza DGGE este utilizată pentru separarea fragmentelor dublu catenare de ADN care sunt identice ca lungime, dar care diferă in secvența de nucleotide. Un amestec de fragmente de ADN cu secvențe nucleotidice diferite este separat prin electroforeză în gel de acrilamidă, gel care conține un gradient de creștere lineară de agenți denaturanți - uree și formamidă. În general, fragmentele de ADN bogate în GC
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
implică utilizarea izotopilor radioactivi, iar genotiparea este posibilă prin simpla examinare a migrării produsului PCR specific prin electroforeză în gel de agaroză. Metoda constă în utilizarea, în două reacții PCR separate, a doi primeri ARMS care prezintă aceeași secvență de nucleotide ca și matrița ADN, cu excepția nucleotidului terminal 3’. Un primer este complementar la capătul 3’ cu alela normală, iar celălalt - cu alela mutantă. Pentru amplificarea enzimatică se folosește Taq-polimeraza enzimă care nu are activitate 3’→5’ exonucleazică, ceea ce pentru realizarea
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
regiunea 2, banda 8. Această genă are 26 de exoni și secvența ei cuprinde 186 000 perechi de baze (186 kb), ceea ce reprezintă 0,1% din lungimea cromozomului X. Exonul 14 este un exon mare care are 3106 perechi de nucleotide și codifică pentru domeniul B, pe când intronul cel mare dintre exonii 22 și 23 are 32 000 perechi de nucleotide (vezi fig. 16.37). Cele mai multe mutații punctiforme apar în secvențele ADN care cuprind și tetranucleotidul TCGA ce reprezintă secvența recunoscută
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
kb), ceea ce reprezintă 0,1% din lungimea cromozomului X. Exonul 14 este un exon mare care are 3106 perechi de nucleotide și codifică pentru domeniul B, pe când intronul cel mare dintre exonii 22 și 23 are 32 000 perechi de nucleotide (vezi fig. 16.37). Cele mai multe mutații punctiforme apar în secvențele ADN care cuprind și tetranucleotidul TCGA ce reprezintă secvența recunoscută de enzima TagI. Această secvență conține dinucleotidul CG care suferă ușor mutație, deoarece citozina sa este frecvent metilată, iar deaminarea
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
acestora, cu identificarea markerului molecular - RFLP (fig. 16.38). Când este prezentă o secvență variantă recunoscută de enzima de restricție Bcl I în regiunea exonilor 17 și 18 se produc, sub acțiunea acestei enzime, un fragment de 879 perechi de nucleotide și un fragment de 286 perechi de nucleotide. Când este absent o asemenea secvență variantă, rezultă un singur fragment de ADN care are 1165 perechi de nucleotide. Analiza RFLP asociată cu analiza de pedigree este relevantă în diagnosticul molecular al
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
38). Când este prezentă o secvență variantă recunoscută de enzima de restricție Bcl I în regiunea exonilor 17 și 18 se produc, sub acțiunea acestei enzime, un fragment de 879 perechi de nucleotide și un fragment de 286 perechi de nucleotide. Când este absent o asemenea secvență variantă, rezultă un singur fragment de ADN care are 1165 perechi de nucleotide. Analiza RFLP asociată cu analiza de pedigree este relevantă în diagnosticul molecular al hemofiliei A (fig. 16.39). În ADN prelevat
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
18 se produc, sub acțiunea acestei enzime, un fragment de 879 perechi de nucleotide și un fragment de 286 perechi de nucleotide. Când este absent o asemenea secvență variantă, rezultă un singur fragment de ADN care are 1165 perechi de nucleotide. Analiza RFLP asociată cu analiza de pedigree este relevantă în diagnosticul molecular al hemofiliei A (fig. 16.39). În ADN prelevat de la pacientul reper (II-1) afectat de hemolifia A se află un fragment de 879 perechi de nucleotide, ceea ce semnifică
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
perechi de nucleotide. Analiza RFLP asociată cu analiza de pedigree este relevantă în diagnosticul molecular al hemofiliei A (fig. 16.39). În ADN prelevat de la pacientul reper (II-1) afectat de hemolifia A se află un fragment de 879 perechi de nucleotide, ceea ce semnifică prezența mutației în gena pentru factorul de coagulare VIII. Sora acestui bărbat (II- 2) are un fiu afectat (III-2) în al cărui ADN s-a evidențiat fragmentul de 879 perechi de nucleotide moștenit de la mama sa. Fratele acestuia
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
un fragment de 879 perechi de nucleotide, ceea ce semnifică prezența mutației în gena pentru factorul de coagulare VIII. Sora acestui bărbat (II- 2) are un fiu afectat (III-2) în al cărui ADN s-a evidențiat fragmentul de 879 perechi de nucleotide moștenit de la mama sa. Fratele acestuia (III-1) are în ADN-ul său analizat prin RFLP un fragment unic de 1165 bp, ceea ce înseamnă că nu se află în risc de a face boala, deoarece la el nu există linkaje cu
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
în risc de a face boala, deoarece la el nu există linkaje cu mutația. ura 16.39. Diagnosticul molecular al hemofiliei A prin metoda RFLP și pedigree (modificat din Passarge, 2001). În afară de mutațiile punctiforme sunt frecvente rearanjamentele din secvența de nucleotide a genei factorului VIII în care este implicat intronul lung dintre exonii 22 și 23 (Passarge, 2001). Severitatea și frecvența sângerărilor sunt dependente de activitatea reziduală a factorului VIII (tabelul 16.8). Hemofilia are o frecvență de 1 la 10
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
intercalate printre secvențele genice. Asemenea secvențe sunt denumite LINE (de la Long Interpsersed Nuclear Elements). Ele sunt de fapt retrotranspozoni care în contrast cu retrovirusurile sunt lipsite de LTR-uri (Long Terminal Repeats). Elementele LINE reprezintă secvențe repetate de până la 6500 perechi de nucleotide care prezintă o bogăție de resturi Adenină la terminalul 3’ și pot conține 1-2 cadre deschise citirii (ORF-uri) care reprezintă secvențe genice cu un codon de inițiere ATG spre terminalul 5’ și unul dintre codonii stop ATT, ATG sau
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
LINE) prezente dispers în aproximativ 105 còpii, distribuite în tot genomul uman. Lungimea integrală a unui element L1 este de 6,1 kb, dar majoritatea còpiilor sale din genomul uman reprezintă variante truncate ale acesteia la terminalul 5’. Secvența de nucleotide a unui element L1 are un terminal 3’ bogat în resturi A și două lungi cadre deschise citirii desemnate orf-1 și orf-2. Orf-2 codifică un potențial polipeptid care are omologie de secvență cu reverstranscriptazele, ceea ce sugerează că elementele L1 reprezintă
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
afectați de hemofilie A. Aceste inserturi au fost de 3,8 kb și, respectiv 2,3 kb și au avut sectoare 3’ ale secvenței L1, incluzând traiecte poli(A), creind situsuri țintă pentru duplicații de cel puțin 12 și 13 nucleotide în secvența genei factorului VIII. Secvențele 3’ - remorcă ce urmează orf-2 sunt aproape identice cu secvența consens a cADN L1 (Skwronski și Singer, 1986). Aceste date arată că în cazul genomului uman, anumite secvențe L1 pot fi dispersate printr-un
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
5 al genei factorului IX de coagulare la un mascul canin afectat de hemofilie B. Acest insert a fost reprezentat de transpozon canin de tip Line 1 trunchiat 5; urmat de un traiect 3’ poli(A) de aproximativ 200 de nucleotide, flancat de o repetiție directă de 15 perechi de nucleotide. Inserția a putut fi identificată în cel puțin cinci generații și a fost asociată cu hemofilia B. Aceasta a fost prima descriere a unei mutații în gena factorului de coagulare
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
canin afectat de hemofilie B. Acest insert a fost reprezentat de transpozon canin de tip Line 1 trunchiat 5; urmat de un traiect 3’ poli(A) de aproximativ 200 de nucleotide, flancat de o repetiție directă de 15 perechi de nucleotide. Inserția a putut fi identificată în cel puțin cinci generații și a fost asociată cu hemofilia B. Aceasta a fost prima descriere a unei mutații în gena factorului de coagulare IX asociată cu inducerea hemofiliei B la o specie de
Imunogenetică și oncogenetică. Principii de imunogenetică. Partea I by Lucian Gavrilă, Aurel Ardelean () [Corola-publishinghouse/Science/91987_a_92482]
-
asocierii poate fi făcută printr-un studiu de tip Genome Wide Scan, în acest caz fiind vorba de un studiu de Asociere Indirectă. Metoda din urmă se bazează pe tiparea unui mare număr de polimorfisme simple de tip SNP (Single Nucleotide Polymorphisms) distribuite uniform pe tot genomul, căutându-se prezența asocierii unuia dintre acestea cu boala investigată. Metoda poartă și numele de Genome Wide Association Approach și prezintă avantajul de a putea folosi puterea studiilor de asociere fără a fi nevoie
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
Astfel, studiile pe modele animale PTPN22-knockout au indicat o creștere a proliferării limfocitelor T (în special din compartimentul de memorie), cu tendință crescută spre autoimunitate (Hasegawa et al., 2004). Recent a fost descris un polimorfism simplu de tip SNP (Single Nucleotide Polymorphim) al genei PTPN22 care constă din substituția PTPN-1858 C/T, determinând modificarea aminoacidică Arg620Trp la nivelul codonului 620 (Bottini et al., 2004). Acest polimorfism pare a influența capacitatea de legare a moleculei LYP la kinaza Csk, cu posibilă relevanță
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91984_a_92479]
-
și o substituție C/T “silențioasă” (care nu determină modificarea aminoacidului codificat) în exonul 9 care induce un situs TaqI (alele notate t și T). Un alt polimorfism studiat în legătură cu asocierea cu diferite boli autoimune este reprezentat de repetiția de nucleotide (A)n de la nivelul regiunii 3’ netranscrise a genei (Haussler et al., 1998). Au fost efectuate mai multe studii privind eventuala asociere a polimorfismelor FokI, BsmI, ApaI și Taq1 din gena VDR cu diabetul de tip 1. În 1997, McDermott
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91984_a_92479]