1,976 matches
-
studiul pe familii să fie dificil în cazul bolilor complexe cu exprimare fenotipică la vârste mai mari (de exemplu, DZ tip 2, HTA etc.). 4.3. CLASIFICAREA STUDIILOR ÎN FUNCȚIE DE METODA DE DEPISTARE A GENELOR IMPLICATE 4.3.1. Studiul genelor candidate Deoarece genomul uman include peste 30 000 de gene, și pentru că doar câteva sute sau mii dintre acestea contribuie semnificativ la variația unor trăsături fenotipice, probabilitatea ca o genă aleasă aleator din genomul uman să aibă un rol în susceptibilitatea
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
aceea, informații provenite din diferite surse (tabelul 4.3) sunt folosite pentru selectarea în vederea analizei genetice a anumitor gene care prezintă în mod realist șanse de a participa la susceptibilitatea pentru boala investigată. Aceste gene au primit numele de gene candidate. Practic metoda de studiu a genelor candidate folosește cunoștințele fiziopatologice și de etiopatogenie pentru a identifica moleculele (proteinele) care sunt implicate direct sau indirect în mecanismul etiopatogenetic de apariție a unei boli. Genele care codifică aceste proteine cu rol dovedit
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
4.3) sunt folosite pentru selectarea în vederea analizei genetice a anumitor gene care prezintă în mod realist șanse de a participa la susceptibilitatea pentru boala investigată. Aceste gene au primit numele de gene candidate. Practic metoda de studiu a genelor candidate folosește cunoștințele fiziopatologice și de etiopatogenie pentru a identifica moleculele (proteinele) care sunt implicate direct sau indirect în mecanismul etiopatogenetic de apariție a unei boli. Genele care codifică aceste proteine cu rol dovedit (sau măcar bănuit) în etiopatogenia bolii au
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
în mecanismul etiopatogenetic de apariție a unei boli. Genele care codifică aceste proteine cu rol dovedit (sau măcar bănuit) în etiopatogenia bolii au o mare probabilitate de a interveni în producerea susceptibilității genetice față de boală și poartă numele de gene candidate. Alegerea genelor candidate este de multe ori dificilă, unii considerând-o mai mult o artă decât o știință. De multe ori, mecanismul etiopatogenetic al unei boli nu este pe deplin elucidat, aceasta fiind de altfel și rațiunea eforturilor de descoperire
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
de apariție a unei boli. Genele care codifică aceste proteine cu rol dovedit (sau măcar bănuit) în etiopatogenia bolii au o mare probabilitate de a interveni în producerea susceptibilității genetice față de boală și poartă numele de gene candidate. Alegerea genelor candidate este de multe ori dificilă, unii considerând-o mai mult o artă decât o știință. De multe ori, mecanismul etiopatogenetic al unei boli nu este pe deplin elucidat, aceasta fiind de altfel și rațiunea eforturilor de descoperire a unor factori
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
mai mult o artă decât o știință. De multe ori, mecanismul etiopatogenetic al unei boli nu este pe deplin elucidat, aceasta fiind de altfel și rațiunea eforturilor de descoperire a unor factori genetici. În plus, metodele de selectare a genelor candidate prezentate în tabelul 4.3 sunt rareori eficiente folosite izolat. În sfârșit, dovedirea unei asocieri reale între o variantă genică și o boală necesită nu doar ca proteina codificată de gena respectivă să fie implicată într-un mecanism patogenic relevant
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
ca proteina codificată de gena respectivă să fie implicată într-un mecanism patogenic relevant pentru boală, ci și ca varianta genică să poată influența expresia sau funcția proteinei respective. Din punct de vedere al metodei de invetigare genetică pentru genele candidate, există două modalități de studiu (Hirschhorn et al., 2005): a) Studii de asociere pentru genele candidate. Metoda (descrisă de altfel și în paragraful Studii de asociere) se bazează pe tiparea mai multor variante genice ale genelor candidate (de regulă, polimorfisme
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
ci și ca varianta genică să poată influența expresia sau funcția proteinei respective. Din punct de vedere al metodei de invetigare genetică pentru genele candidate, există două modalități de studiu (Hirschhorn et al., 2005): a) Studii de asociere pentru genele candidate. Metoda (descrisă de altfel și în paragraful Studii de asociere) se bazează pe tiparea mai multor variante genice ale genelor candidate (de regulă, polimorfisme simple de tip SNP) pe loturi de regulă de tip cazuri-control. Reprezintă poate cea mai folosită
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
genetică pentru genele candidate, există două modalități de studiu (Hirschhorn et al., 2005): a) Studii de asociere pentru genele candidate. Metoda (descrisă de altfel și în paragraful Studii de asociere) se bazează pe tiparea mai multor variante genice ale genelor candidate (de regulă, polimorfisme simple de tip SNP) pe loturi de regulă de tip cazuri-control. Reprezintă poate cea mai folosită metodă pentru studierea factorilor genetici în bolile complexe, poligenice. b) Studii de resecvențializare a genelor candidate (Candidate-gene Resequencing Studies). Reprezintă cea
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
multor variante genice ale genelor candidate (de regulă, polimorfisme simple de tip SNP) pe loturi de regulă de tip cazuri-control. Reprezintă poate cea mai folosită metodă pentru studierea factorilor genetici în bolile complexe, poligenice. b) Studii de resecvențializare a genelor candidate (Candidate-gene Resequencing Studies). Reprezintă cea mai amănunțită metodă de investigare a unei Gene Candidate și se bazează pe secvențializarea completă (stabilirea întregii secvențe de baze azotate) a genei respective pe un lot de cazuri și comparativ pe un lot de
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
loturi de regulă de tip cazuri-control. Reprezintă poate cea mai folosită metodă pentru studierea factorilor genetici în bolile complexe, poligenice. b) Studii de resecvențializare a genelor candidate (Candidate-gene Resequencing Studies). Reprezintă cea mai amănunțită metodă de investigare a unei Gene Candidate și se bazează pe secvențializarea completă (stabilirea întregii secvențe de baze azotate) a genei respective pe un lot de cazuri și comparativ pe un lot de subiecți de control, cu scopul identificării unei variante genice sau a unui set de
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
mai ales, costisitoare (Hirschhorn et al., 2005) și, de aceea, au fost deocamdată limitate doar la investigarea regiunilor codificante (exoni) ale unui număr redus de gene (Hirschhorn et al., 2002). Esențială pentru reușita unui studiu de tip Asociere pe Gene Candidate este alegerea polimorfismelor SNP ce vor fi tipate pe cele două loturi. Ideală este situația în care sunt cunoscute toate variantele genice frecvent întâlnite în populația din care provin cele două loturi de studiu. Deși în ultimii ani nivelul cunoașterii
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
necunoscute (Wang et al., 2005). Această situație va fi probabil îndreptată în următorii ani pe măsura secvențializării complete a genomului unui număr mai mare de subiecți. Chiar și așa însă, trebuie menționat că tiparea tuturor polimorfismelor SNP ale unei gene candidate este laborioasă și costisitoare. O alternativă care va permite reducerea numărului de SNP ce trebuie genotipate pentru elucidarea contribuției unei gene candidate provine din existența fenomenului de linkage disequilibrium (LD) între alelele unor polimorfisme SNP învecinate din cadrul aceleiași gene, iar
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
mai mare de subiecți. Chiar și așa însă, trebuie menționat că tiparea tuturor polimorfismelor SNP ale unei gene candidate este laborioasă și costisitoare. O alternativă care va permite reducerea numărului de SNP ce trebuie genotipate pentru elucidarea contribuției unei gene candidate provine din existența fenomenului de linkage disequilibrium (LD) între alelele unor polimorfisme SNP învecinate din cadrul aceleiași gene, iar uneori chiar din gene diferite. În populația generală, intervalul de LD între SNP învecinate este de regulă de 60-200 kbp (McVean et
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
o valoare r2 mai mare de 0,8 poate asigura acoperirea polimorfismelor SNP netipate, permițând genotiparea unui număr mai mic de markeri SNP fără o pierdere semnificativă a puterii statistice (Wang et al., 2005). Prin metoda de studiu a genelor candidate au fost identificați principalii doi loci de susceptibilitate pentru DZ tip 1: IDDM1 - Regiunea HLA de pe cromozomul 6p21 (Singal și Blajchman, 1973; Cudworth și Woodrow, 1974; Nerup et al., 1974), ulterior localizat la genele DRB1, DQB1 și DQA1 (Todd et
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
11p15 (Bell et al., 1984; Hitman et al., 1985), ulterior localizată la nivelul minisatelitului genei insulinei - 5’ INS-VNTR (Bennett et al., 1995). 4.3.2. Screening-ul întregului genom (Genome Wide Scan - GWS) Prin contrast cu metoda de studiu a genelor candidate, investigarea întregului genom nu necesită cunoașterea exactă a mecanismelor etiologice și fiziopatologice ale afecțiunii investigate. Practic este analizat un număr mare de variante genice (polimorfisme) sau de markeri selectați aleator și repartizați uniform pe toți cromozomii genomului. Scanarea întregului genom
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
cM a cromozomului 2q31-2q35 cel puțin trei locusuri asociate diabetului (IDDM7, IDDM12, IDDM13) (Copeman et al., 1995; Owerbach și Gabbay 1995; Nistico et al., 1996). Gena CTLA-4 (Citotoxic T Lymphocyte-associated Antigen 4) situată pe cromozomul 2q33 este una din genele candidate ideale pentru DZ tip 1 ca boală autoimună, dar trebuie menționat că în aceeași regiune a cromozomului 2q33 se află și genele ICOS (Inducible T-cell Costimulator) și CD28, ambele cu funcții reglatorii importante pentru activitatea limfocitelor T (Todd și Wicker
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91984_a_92479]
-
la om poate fi similar cu cel observat la șoarecii NOD, demonstrându-se recent că și la om există limfocite T reglatorii CD4+CD25+ (Gregori et al., 2002). Gena receptorului vitaminei D devine prin toate cele menționate una din genele candidate puternice pentru susceptibilitatea genetică la diabetul de tip 1. Gena VDR este localizată pe cromozomul 12q12-q14, și include 8 exoni codificanți (exonii 2-9), 6 exoni ne-transcriși (exonii 1a - 1f) și două regiuni promotor (Crofts et al., 1998). Gena VDR
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91984_a_92479]
-
de tip SNP din 19 gene. Genotiparea propriu-zisă a fost făcută cu ajutorul tehnicii SSP-PCR care ne-a permis să tipăm un mare număr de alele HLA clasa I și a II-a, alele ale genei insulinei și ale tuturor genelor candidate alese folosind aceleași condiții și parametri de amplificare PCR. Tehnica folosită a fost foarte simplă, rapidă și cost eficientă, necesitând doar extracția ADN, amplificarea PCR și apoi electroforeza produșilor PCR pe gel de agaroză. Rezultatele obținute au fost publicate în
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
cu efect protector. În concluzie, am confirmat contribuția genei insulinei la predispoziția genetică pentru DZ tip 1 în populația românească, cu particularitatea asocierii surprinzător de puternice prin comparație cu alte populații. 10.3. GENA ICAM-1, CROMOZOMUL 19p13 Dintre toate genele candidate testate de noi pe lotul de 204 familii din populația românească, după corecția valorii PTDT (conform metodei Bonferroni) am descoperit o asociere semnificativă cu DZ tip 1 doar pentru un polimorfism al genei ICAM-1 (Intercellular Adhesion Molecule 1) de pe cromozomul
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
românească, după corecția valorii PTDT (conform metodei Bonferroni) am descoperit o asociere semnificativă cu DZ tip 1 doar pentru un polimorfism al genei ICAM-1 (Intercellular Adhesion Molecule 1) de pe cromozomul 19p13. După cum am mai arătat, gena ICAM-1 este o genă candidată puternică pentru DZ tip 1, ea având importante funcții imunoreglatorii. În plus, o zonă de linkage cu DZ tip 1 a fost evidențiată la nivelul regiunii 19p13 într-o analiză de tip Genome Wide Scan (Mein et al., 1998). Mai
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
descris o regiune de asociere cu DZ tip 1 pe brațul lung al cromozomului 2 (2q33), regiune care ulterior a fost desemnată drept IDDM12. Gena CTLA-4 (Citotoxic T Lymphocyte associated Antigen 4) situată pe cromozomul 2q33 era una din genele candidate ideale pentru DZ tip 1 ca boală autoimună. Astfel, molecula CTLA4 este exprimată pe suprafața limfocitelor T activate și limitează proliferarea acestora (Redondo și Eisenbarth, 2001). Totodată ea mediază negativ activarea celulelor T și favorizează apoptoza acestora. La nivelul exonului
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
diabetului de tip 1 la om (EURODIAB Substudy 2 Study Group 1999). Prin toate acestea, Receptorul pentru Vitamina D (Vitamin D Receptor - VDR) devine o moleculă deosebit de interesantă în studiul patogenezei DZ tip 1, iar gena acestuia una din genele candidate puternice în susceptibilitatea pentru DZ tip 1. Gena VDR de pe cromozomul 12q12-14 prezintă numeroase polimorfisme de tip SNP la om. Astfel, la joncțiunea intronului 1 și exonu-lui 2 există o tranziție A/C care crează un codon de start (ATG
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
descrise polimorfisme de tip SNP la nivelul genelor NAcT care influențează nivelul de activitate enzimatică. Astfel, homozigoții wild type sunt acetilatori rapizi, iar indivizii care prezintă cel puțin o mutație sunt acetilatori lenți. Din acest motiv, genele NAcT sunt gene candidate funcționale pentru DZ tip 1 la om. Acestea sunt motivele pentru care am inclus în analiza primelor 204 de familii cu DZ tip 1 din România și mai multe polimorfisme ale genelor NAcT 1 și 2. După analiza rezultatelor, datele
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
a alelei 590 G cu DZ tip 1, putem afirma în prezent că este extrem de puțin probabil ca polimorfismele acestei gene să joace un rol în susceptibilitatea genetică pentru această boală. 10.7. ALTE GENE Rezultatele pentru toate celelalte gene candidate tipate de noi pe lotul de 204 familii nu s-au apropiat mult de semnificativitatea statistică. Totuși, unele rezultate merită amintite, cu mențiunea că toate trebuie reconfirmate de o analiză pe un al doilea lot de familii românești. Am descoperit
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]