1,684 matches
-
sau boală). În forma sa cea mai simplă, studiul de tip cazuri-control compară două grupuri populaționale care se presupune că diferă în ceea ce privește frecvența variantelor genice predispozante pentru o boală (Hattersely et al., 2005). Se compară practic frecvența unei variante genice (alele marker) la un grup de pacienți cu frecvența lor la un grup de control, grup care trebuie să fie similar din punct de vedere al distribuției pe vârste, sexe, caractere biologice (excluzând boala studiată) etc. cu lotul de pacienți. Depistarea
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
vezi și glosar de termeni de genetică). În cazul unor astfel de populații (situație frecvent întâlnită în Statele Unite de exemplu), orice caracteristică biologică (inclusiv boala) care este mai frecventă într-un anumit grup etnic va fi aparent asociată cu orice alelă care este mai frecventă în grupul respectiv (Cucca și Todd, 1996). Acest fenomen a primit numele de „segregation distortion”. Explicația constă în faptul că lotul de bolnavi va cuprinde mai mulți subiecți din grupul etnic în care boala este mai
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
părinți la copiii cu diabet, respectiv la frații lor neafectați. Metoda studiului pe familii are mai multe avantaje. În primul rând, ea evită problemele legate de stratificarea populațională (admixture). Pe de altă parte, ea permite stabilirea efectului diferențiat al unei alele asupra riscului de boală în cazul transmiterii pe linie maternă sau paternă (Frayling et al., 1999). În sfârșit, ea face posibilă și eliminarea contribuției factorilor de mediu la apariția bolii în cazul perechilor de frați discordanți pentru boală (Horvath et
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
la apariția bolii în cazul perechilor de frați discordanți pentru boală (Horvath et al., 1998). Există mai multe metode de analiză genetică folosind loturi de familii: a) Metoda AFBAC (Affected Family Based Controls) (Thomson, 1995) - constă în împărțirea celor patru alele ce pot fi transmise de către cei doi părinți (pentru un anumit locus) în două grupe: alelele transmise tuturor copiilor afectați (T) și respectiv alelele netransmise în cazul tuturor copiilor neafectați (NT). Alelele din grupul NT reprezintă o estimare „necontaminată” a
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
mai multe metode de analiză genetică folosind loturi de familii: a) Metoda AFBAC (Affected Family Based Controls) (Thomson, 1995) - constă în împărțirea celor patru alele ce pot fi transmise de către cei doi părinți (pentru un anumit locus) în două grupe: alelele transmise tuturor copiilor afectați (T) și respectiv alelele netransmise în cazul tuturor copiilor neafectați (NT). Alelele din grupul NT reprezintă o estimare „necontaminată” a distribuției variantelor genei respective în populația generală. În final, se va compara frecvența alelelor în grupul
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
de familii: a) Metoda AFBAC (Affected Family Based Controls) (Thomson, 1995) - constă în împărțirea celor patru alele ce pot fi transmise de către cei doi părinți (pentru un anumit locus) în două grupe: alelele transmise tuturor copiilor afectați (T) și respectiv alelele netransmise în cazul tuturor copiilor neafectați (NT). Alelele din grupul NT reprezintă o estimare „necontaminată” a distribuției variantelor genei respective în populația generală. În final, se va compara frecvența alelelor în grupul T cu cea din grupul NT pentru stabilirea
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
Controls) (Thomson, 1995) - constă în împărțirea celor patru alele ce pot fi transmise de către cei doi părinți (pentru un anumit locus) în două grupe: alelele transmise tuturor copiilor afectați (T) și respectiv alelele netransmise în cazul tuturor copiilor neafectați (NT). Alelele din grupul NT reprezintă o estimare „necontaminată” a distribuției variantelor genei respective în populația generală. În final, se va compara frecvența alelelor în grupul T cu cea din grupul NT pentru stabilirea unei eventuale asociații. Practic, metoda AFBAC reprezintă o
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
două grupe: alelele transmise tuturor copiilor afectați (T) și respectiv alelele netransmise în cazul tuturor copiilor neafectați (NT). Alelele din grupul NT reprezintă o estimare „necontaminată” a distribuției variantelor genei respective în populația generală. În final, se va compara frecvența alelelor în grupul T cu cea din grupul NT pentru stabilirea unei eventuale asociații. Practic, metoda AFBAC reprezintă o modalitate de a „crea artificial” un lot de control apropiat de caracteristicile populației generale, transformând studiul pe familii într-un studiu de
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
avantajelor studiului pe familii în ceea ce privește evitarea fenomenului de „segregation-distortion.” b) Metoda TDT (Transmission Disequilibrium Test) (Spielman et al., 1993; Spielman și Ewans, 1996) - reprezintă cea mai frecvent folosită metodă de studiu pe familii. Constă în urmărirea eventualei transmisii preferențiale a alelelor unui anumit locus de la părinți la copiii afectați comparativ cu cei neafectați. În cazul părinților heterozigoți pentru un anumit locus, șansa de a transmite copiilor una dintre alele este egală cu 50% dacă nu există o asociere între una din
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
metodă de studiu pe familii. Constă în urmărirea eventualei transmisii preferențiale a alelelor unui anumit locus de la părinți la copiii afectați comparativ cu cei neafectați. În cazul părinților heterozigoți pentru un anumit locus, șansa de a transmite copiilor una dintre alele este egală cu 50% dacă nu există o asociere între una din alele și boala respectivă. Devierea de la procentul de 50% așteptat (transmitere crescută a uneia dintre alele la afectați comparativ cu neafectați) va sugera asocierea alelei respective cu boala
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
unui anumit locus de la părinți la copiii afectați comparativ cu cei neafectați. În cazul părinților heterozigoți pentru un anumit locus, șansa de a transmite copiilor una dintre alele este egală cu 50% dacă nu există o asociere între una din alele și boala respectivă. Devierea de la procentul de 50% așteptat (transmitere crescută a uneia dintre alele la afectați comparativ cu neafectați) va sugera asocierea alelei respective cu boala. Metode derivate din TDT sunt reprezentate de ETDT (Extended TDT) (Sham și Curtis
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
heterozigoți pentru un anumit locus, șansa de a transmite copiilor una dintre alele este egală cu 50% dacă nu există o asociere între una din alele și boala respectivă. Devierea de la procentul de 50% așteptat (transmitere crescută a uneia dintre alele la afectați comparativ cu neafectați) va sugera asocierea alelei respective cu boala. Metode derivate din TDT sunt reprezentate de ETDT (Extended TDT) (Sham și Curtis, 1995) și PETDT (Pairwise Extended TDT) (Koeleman et al., 2000). Destul de frecvent TDT este citat
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
copiilor una dintre alele este egală cu 50% dacă nu există o asociere între una din alele și boala respectivă. Devierea de la procentul de 50% așteptat (transmitere crescută a uneia dintre alele la afectați comparativ cu neafectați) va sugera asocierea alelei respective cu boala. Metode derivate din TDT sunt reprezentate de ETDT (Extended TDT) (Sham și Curtis, 1995) și PETDT (Pairwise Extended TDT) (Koeleman et al., 2000). Destul de frecvent TDT este citat ca un test de linkage, dar trebuie menționat că
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
corectarea acestor erori (Gordon et al., 2004). c) Metoda ASP (Affected Sibling Pair) (Risch, 1990) - vezi și mai sus. Metoda se aplică doar familiilor multiplex și se folosește o tehnică de analiză a linkage-ului. În acest caz se compară procentul alelelor (ale unui anumit locus) moștenite de la părinți și care sunt identice la frații afectați de aceeași boală (Identical by Descent - IBD) cu procentul de 50% care reprezintă probabilitatea ca cei doi să moștenească aceleași alele în cazul în care gena
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
acest caz se compară procentul alelelor (ale unui anumit locus) moștenite de la părinți și care sunt identice la frații afectați de aceeași boală (Identical by Descent - IBD) cu procentul de 50% care reprezintă probabilitatea ca cei doi să moștenească aceleași alele în cazul în care gena nu este asociată bolii. d) Metoda Discordant Sib Pair (Spielman et al., 1998; Horvath et al., 1998) poate oferi informații utile în plus privind rolul factorilor genetici prin eliminarea contribuției factorilor comuni de mediu la
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
că tiparea tuturor polimorfismelor SNP ale unei gene candidate este laborioasă și costisitoare. O alternativă care va permite reducerea numărului de SNP ce trebuie genotipate pentru elucidarea contribuției unei gene candidate provine din existența fenomenului de linkage disequilibrium (LD) între alelele unor polimorfisme SNP învecinate din cadrul aceleiași gene, iar uneori chiar din gene diferite. În populația generală, intervalul de LD între SNP învecinate este de regulă de 60-200 kbp (McVean et al., 2004). Astfel, devine posibilă efectuarea unor studii de tip
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
deja cunoscute, informația furnizată de alte polimorfisme (aflate în LD puternic cu cele tipate) fiind redundantă. Polimorfismele SNP care se află în LD cu alte SNP învecinate au primit numele de tagSNPs. Unitatea de măsură pentru gradul de LD între alelele a doi loci de tip SNP este r2 (Wang et al., 2005). Spre exemplu, o valoare r2 de 1 indică un linkage disequilibrium total (de 100%), și indică inutilitatea tipării ambelor polimorfisme SNP, fiind suficientă informația provenită din tiparea unui
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
Wide Linkage Study) se bazează pe existența microsateliților (markerilor) care sunt secvențe ADN repetitive ale unui „bloc” de baze azotate (di-, tri- sau tetranucleotid). Lungimea microsateliților este variabilă în funcție de numărul de repetiții și reprezintă o caracteristică individuală - există multiple variante (alele) ale aceluiași microsatelit, indivizii putând fi diferențiați în funcție de numărul de repetiții. Microsateliții se află în afara zonelor codificante ale diferitelor gene, iar funcția lor nu este încă elucidată. Ei se află în linkage disequilibrium (se transmit în bloc) cu anumite alele
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
alele) ale aceluiași microsatelit, indivizii putând fi diferențiați în funcție de numărul de repetiții. Microsateliții se află în afara zonelor codificante ale diferitelor gene, iar funcția lor nu este încă elucidată. Ei se află în linkage disequilibrium (se transmit în bloc) cu anumite alele ale genelor situate în imediata lor vecinătate. Secvența de baze azotate a microsateliților, precum și localizarea lor pe diferiții cromozomi au devenit accesibile în urma definitivării „Human Genome Project”. Screening-ul întregului genom se bazează pe alegerea unor microsateliți repartizați în mod uniform
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
pe diferiții cromozomi au devenit accesibile în urma definitivării „Human Genome Project”. Screening-ul întregului genom se bazează pe alegerea unor microsateliți repartizați în mod uniform pe toți cromozomii și testarea pe un lot de familii a tuturor acestora. Demonstrarea linkage-ului unor alele ale unui anumit microsatelit cu boala indică că în regiunea respectivă a cromozomului implicat se află un locus/genă de asociere cu boala. Regiunea identificată va fi ulterior restrânsă prin introducerea în analiză a mai multor microsateliți la intervale mai
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91980_a_92475]
-
gene polimorfice comparativ la subiecți diabetici și nediabetici. Am efectuat în primul rând evaluarea rolului genelor dovedite până în prezent ca fiind asociate DZ tip 1 la caucazieni. Este vorba de genele HLA clasa a II-a DR și DQ (IDDM1), alelele genei insulinei INS-VNTR (IDDM2) și gena CTLA4 (IDDM12). Într-o a doua etapă, am ales tehnica studiului genelor candidate pentru a testa implicarea în predispoziția pentru DZ tip 1 a unui mare număr de gene care codifică diferite proteine, cu
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
studiului genelor candidate pentru a testa implicarea în predispoziția pentru DZ tip 1 a unui mare număr de gene care codifică diferite proteine, cu rol posibil în mecanismul etiopatogenic de distrugere a celulelor ?. Astfel, în final am analizat 32 alele HLA (clasa I și a II-a) și alte 40 de polimorfisme de tip SNP din 19 gene. Genotiparea propriu-zisă a fost făcută cu ajutorul tehnicii SSP-PCR care ne-a permis să tipăm un mare număr de alele HLA clasa I
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
am analizat 32 alele HLA (clasa I și a II-a) și alte 40 de polimorfisme de tip SNP din 19 gene. Genotiparea propriu-zisă a fost făcută cu ajutorul tehnicii SSP-PCR care ne-a permis să tipăm un mare număr de alele HLA clasa I și a II-a, alele ale genei insulinei și ale tuturor genelor candidate alese folosind aceleași condiții și parametri de amplificare PCR. Tehnica folosită a fost foarte simplă, rapidă și cost eficientă, necesitând doar extracția ADN, amplificarea
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
a II-a) și alte 40 de polimorfisme de tip SNP din 19 gene. Genotiparea propriu-zisă a fost făcută cu ajutorul tehnicii SSP-PCR care ne-a permis să tipăm un mare număr de alele HLA clasa I și a II-a, alele ale genei insulinei și ale tuturor genelor candidate alese folosind aceleași condiții și parametri de amplificare PCR. Tehnica folosită a fost foarte simplă, rapidă și cost eficientă, necesitând doar extracția ADN, amplificarea PCR și apoi electroforeza produșilor PCR pe gel
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]
-
și reconfirmarea (sau infirmarea) datelor pentru familiile din 1999. De asemenea, vom discuta rezultatele care sugerează posibila asociere a unor gene, dar care necesită reconfirmarea pe un lot mai mare. 10.1. IDDM1 - GENELE HLA, CROMOZOMUL 6p21 10.1.1. Alele HLA clasa I Studiul alelelor HLA de clasa I a indicat o transmitere crescută a tipului HLA B8 la probanzii diabetici (transmitere 64,56%, p=0,0064) comparativ cu frații lor nediabetici (transmitere 56%, p=0,24) (fig. 10.2
Factori genetici implicaţi în etiopatogenia diabetului zaharat de tip 1 (insulinodependent) by Cristian Guja () [Corola-publishinghouse/Science/91985_a_92480]